Os desbravadores das terras que formariam o município de Magda foram Miguel Caselli e Francisco Pereira, que deram início à plantação de suas lavouras nas proximidades do rio São José dos Dourados, por volta de 1925. Após a chegada de outros agricultores, o povoado foi definitivamente instalado, em 5 de março de 1929, com a doação de terras para a constituição de um patrimônio feita pelo coronel João Braga. Em 30 de novembro de 1944 tornou- se distrito do município de Nhandeara, com território desmembrado do município de General Salgado e do próprio município de Nhandeara. O nome "Magda" foi uma homenagem à filha do coronel João Braga, de mesmo nome. O desenvolvimento considerável da lavoura permitiu sua elevação a município em 30 de dezembro de 1953.
